В 1902 г. определением Совета Московского университета М. Б. Янковский был утвержден в ученой степени доктора медицины после публичной защиты диссертации «Некоторые данные по вопросу о борьбе с микроорганизмами полости рта». В 1903 г. М. Б. Янковский выдержал испытания на звание приват-доцента Московского университета по кафедре госпитальной хирургии для преподавания необязательного курса «Болезни полости рта». С 1903 г. он совмещал преподавательскую деятельность в университете с практической работой врача-консультанта по зубным болезням при Московских учебно-воспитательных заведениях ведомства учреждений императрицы Марии Федоровны.
В своих научных работах М. Б. Янковский ставил вопрос о необходимости подхода к заболеваниям зубов и полости рта с учетом совокупности заболеваний всего организма, то есть о стоматологическом направлении в одонтологии. В 1919 г. М. Б. Янковский, не выдвигая своей кандидатуры на конкурс, ушел из университета и поступил в распоряжение Наркомздрава РСФСР в качестве предполагаемой кандидатуры на должность руководителя объединенных учреждений зубоврачебной подсекции. Первоначально подсекцией предполагалось создание учебно-показательного учреждения – Дома советского зубоврачевания (ДСЗ). М. Б. Янковский предложил придать этому учреждению научно-практические функции и назвать его Государственным институтом зубоврачевания. 30 декабря 1920 г. Коллегия Наркомздрава РСФСР утвердила штаты ДСЗ, и в этот же день Коллегия Зубсекции переименовала ДСЗ в Государственный институт зубоврачевания (ГИЗ). М. Б. Янковский был утвержден в должности директора ДСЗ, Зубсекцией ему было поручено разработать Устав и Положение о ГИЗе применительно к изменившимся целям и задачам ДСЗ. Директором ГИЗа М. Б. Янковский был до своей кончины в 1923 г.. Благодаря организаторскому таланту М. Б. Янковского, а также заботам Наркома Н. А. Семашко и заведующего зубсекцией П. Г. Дауге, в институте была создана, по словам А. И. Едокимова, «новая, приветливая атмосфера, в которой быстро развернулась широкая клиническая, научная и педагогическая работа». Очень скоро основным направлением научных исследований института стало стомато-одонтологическое. Это принципиально новое научное направление определил М. Б. Янковский в своей речи «Роль одонтологии среди других медицинских дисциплин» на официальном открытии ГИЗа 2 апреля 1922 г.
Советский период жизни и деятельности М. Б. Янковского был непродолжительным, и только этим можно объяснить, что имя этого замечательного русского врача вскоре было незаслуженно забыто. Нашими исследованиями были установлены несомненные заслуги М. Б. Янковского перед отечественной стоматологией.