Доктор медицинских наук, профессор И. С. Рубинов с 1952 по 1956 год заведовал кафедрой ортопедической стоматологии в Ленинградском государственном стоматологическом институте. Кафедрами ортопедической стоматологии он заведовал также в Ленинградском ГИДУВе имени С. М. Кирова (с 1958 по 1960 год) и в I Ленинградском медицинском институте имени академика И. П. Павлова (1960 по 1967 год).

И. С. Рубинов изучал функцию глотания и жевания, а также нервно-рефлекторную координацию жевательной системы, применяя для этого новые, специальные методы исследования. Основные положения  своего учения И. С. Рубинов изложил  в кандидатской диссертации «Влияние еды и  различных пищевых веществ на жевание, глотание и двигательную функцию желудка» (1944), в докторской диссертации «Клинико-физиологические исследования актов жевания и глотания в норме и патологии» (1952) и в монографии «Физиология и патофизиология жевания и глотания» (1958).

И. С. Рубинов отмечал, что использование специальных физиологических методов исследования – мастикациографии, электромиомастикациографии, миотонометрии позволяет выяснить нейродинамические связи между отдельными элементами зубочелюстной системы в норме и патологии. Он отмечал, что при патологии зубочелюстной системы имеют место «соответствующие патофизиологические изменения и дискоординации между отдельными частями жевательных звеньев. При этом выявляется ряд патологических рефлексов (дентино-мускулярный, пульпо-мускулярный, периодонто-мускулярный, пародонто-мускулярный)». От характера течения патологического процесса зависят соответствующие функциональные нарушения рефлекторных движений нижней челюсти, изменяется функциональная реакция жевательной мускулатуры и т. д.

И. С. Рубинов пришел к выводу, что «Показатели изменений нейродинамических сдвигов в жевательной системе позволяют уточнить дифференциальную диагностику и судить об эффективности лечебных мероприятий. Патофизиологическое освещение хорошо известных рентгеноморфологических и гистопатологических факторов является важным шагом в развитии мало изученного раздела патологической физиологии в стоматологии». Исследования И. С. Рубинова рефлекторных актов в процессе обработке пищи в полости рта с помощью предложенного им в 1938 г. метода мастикациографии явились существенным вкладом в развитие учения о функциональной способности жевательного аппарата. На основании полученных мастикациограмм, записанных до и после лечения, можно установить характер функциональных изменений в работе зубочелюстной системы.

И. С. Рубинов – автор 106 научных работ, в том числе 3 монографий. Под его руководством защищено 12 кандидатских диссертаций.